北交所佣金监管上限和主板相同，但实际综合交易成本并不一样，交易所收取的经手费更高，券商佣金也大多分开设置，不能直接沿用主板佣金标准。下面客观介绍佣金差异与完整交易规则。
交易时间方面，9:15‑9:25开盘集合竞价，9:20‑9:25不可撤单；9:30‑11:30、13:00‑14:57连续竞价；14:57‑15:00收盘集合竞价。股票涨跌幅限制为30%，新股上市首日、退市整理首日无涨跌幅，新股首日还设有30%、60%两档临时停牌。申报最低100股，以1股递增，卖出不足100股部分必须一次性卖出，单笔普通申报上限100万股；单笔10万股以上或金额100万元以上可以走大宗交易通道。开通权限要求申请前20个交易日日均资产不低于50万元，同时具备24个月交易经验。
交易费用分为券商佣金、交易所经手费、过户费、印花税。券商佣金双向收取，法定上限都是成交金额3‰，单笔不足5元按5元收取，主板、北交所上限一致，但两者佣金参数相互独立，主板的低佣不会自动同步到北交所，需要单独协商费率。交易所经手费北交所为0.125‰双向，显著高于沪深主板，这是成本差异的核心来源。过户费双向收取，标准0.01‰。印花税只卖出时单向收取，目前执行减半0.5‰，属于国家税收，券商无法调整。部分券商佣金为“净佣”模式，经手费会额外扣取，看交割单时要区分全佣和净佣。
这里有一个常见误区，很多投资者以为“上限一样，实际成本就一样”。虽然佣金上限相同，但北交所交易所规费更高，同等佣金报价的情况下，整体交易成本高于主板。不少券商开通北交所之后默认佣金更高，不主动协商就会承担更高手续费。北交所不少小盘股流动性偏弱，买卖价差大，还会带来隐性滑点损耗，短线频繁交易，手续费会持续侵蚀收益。
北交所个股多为中小成长企业，退市风险、业绩波动高于主板，30%涨跌幅，单日波动空间更大。网上各类北交所牛股、稳赚策略，大多属于营销误导，股票投资不存在稳赚。交易后可以查看交割单，核对佣金、经手费、过户费、印花税完整扣费明细。
