北交所的基本规则体系明确界定了这一交易所的核心运行框架与特色交易机制，为投资者参与市场提供了清晰的指引。其规则设计服务创新型中小企业，并在交易制度、准入要求等方面展现出与沪深交易所不同的差异化特征，整体上以保障市场有效运行和投资者权益为核心。
北交所设定了明确的权限开通门槛，主要考量资产规模与投资经验。个人投资者需满足申请开通权限前20个交易日内，证券账户和资金账户内的资产日均不低于人民币50万元的要求，且该资产不包括通过融资融券融入的资金和证券。投资者需具备24个月以上的证券交易经验。部分券商还要求投资者通过北交所股票交易知识测试，并完成风险承受能力评估。对于已具备科创板交易权限的投资者，开通北交所权限的程序通常可以简化。
北交所的核心交易规则体现了较高的市场化程度和风险特征。在交易制度上，北交所实行T+1交易，即当日买入的股票需到下一个交易日才能卖出。交易时间与主板市场一致，包括开盘集合竞价、连续竞价和收盘集合竞价时段。最为市场关注的是其价格波动制度，除上市首日外，北交所股票竞价交易实行30%的涨跌幅限制，这给予了价格充分博弈的空间。新股上市首日则不设涨跌幅限制，但设有盘中临时停牌机制，当盘中成交价格较开盘价首次上涨或下跌达到或超过30%、60%时，将临时停牌10分钟。
北交所的规则也颇具特点。买卖申报的最低数量为100股，之后可以1股为单位递增。在连续竞价期间，对限价申报设有有效价格范围，通常为基准价格的上下5%，以防止价格异常波动。市价申报则设有保护措施。对于大宗交易，要求单笔申报数量不低于10万股，或成交金额不低于100万元。新股申购则采取现金申购、按比例配售的方式，与主板的市值配售不同，投资者申购时需全额冻结资金，中签结果取决于资金实力和申购时间。
除了常态化的交易规则，北交所还建立了一套包括上市、持续监管与退市在内的完整市场制度。其上市标准主要平移自新三板精选层，设置了多套涵盖市值、净利润、营业收入等指标的财务条件，以适应不同发展阶段创新型中小企业的融资需求。在持续监管方面，北交所强调优化公司治理和严格信息披露。退市制度则遵循市场化、法治化原则，对触及财务、交易、规范、重大违法等标准的公司实施退市，形成有进有出的市场生态。
