在北交所进行股票交易时，其核心遵循的是与主板市场一致的价格优先、时间优先这一基本原则。这意味着，在竞价交易的过程中，系统会优先撮合成交价格更优的买卖订单。对于买入申报，价格更高的将优先于价格较低的；对于卖出申报，价格更低的将优先于价格较高的。当买卖申报的价格相提交时间更早的订单将获得优先成交的权利。这一基础原则是保障市场公平、高效运行的核心机制，确保了所有投资者在同一个规则下进行博弈，维护了市场的正常竞争秩序。
在价格优先与时间优先的总框架下，北交所对其交易过程设置了若干具体规则，以契合其服务创新型中小企业的市场定位，并防范过度投机。一个重要的限制性规则是价格笼子机制，它主要作用于连续竞价阶段。该机制规定，投资者提交的限价买入申报价格不得高于买入基准价格的105%或买入基准价格加上0.1元（取孰高值）；限价卖出申报价格则不得低于卖出基准价格的95%或卖出基准价格减去0.1元（取孰低值）。这个设计防止在极度波动的市场中出现不理性的、导致价格瞬间大幅偏离的乌龙指或恶意报单，从而平抑瞬时价格波动，引导市场进行更为理性的连续竞价，是对价格发现机制的一种保护与优化。
除了连续竞价期间的报单要求，北交所的整体交易还遵循T+1的交收原则。这指的是，投资者在当日买入的股票，不能在当天卖出，必须等到下一个交易日才能进行操作。这一原则普遍存在于中国内地的A股市场，其主要目的是降低市场的投机性和当日回转交易可能带来的风险，鼓励投资者进行更为审慎和长期的价值判断。北交所在交易单位上也体现出区别于传统主板的灵活性原则，允许单笔申报不低于100股，并且可以按照1股为单位进行递增，这使得投资者在资金管理和仓位控制上能够更加精细，适应了中小企业股票单价可能较低的特点。
北交所还存在一个重要的自动触发原则，即盘中临时停牌机制。该机制主要针对上市首日等不设涨跌幅限制的股票。当股票盘中成交价格相对于开盘价首次上涨或下跌的幅度达到30%和60%这两个阈值时，交易所将自动启动临时停牌，每次停牌时长为10分钟。这一原则的出发点是为市场提供一段冷静期，让投资者有时间充分消化和解读信息，平复可能的恐慌或狂热情绪，防止股价在短时间内因单向情绪的推动而出现极端失控的走势，是保护中小投资者利益和维护市场稳定的重要安全阀。
对于大宗交易，北交所则遵循协议协商、确认成交的原则。当交易双方的单笔申报数量达到10万股以上，或交易金额不低于100万元人民币时，即可进入大宗交易通道。大宗交易的成交确认有专门的时间段，且成交价格需在当日竞价交易的价格涨跌幅限制范围内或特定的价格区间内协商确定。这种机制的设计原则在于满足机构等大额投资者的特殊交易需求，同时又确保其大笔交易不会对二级市场的连续竞价价格造成剧烈冲击，实现了大额交易需求与市场稳定之间的平衡。
